Để có khả năng cung cấp và hỗ trợ dịch vụ CKS, hạ tầng PKI thì nhà cung cấp không chỉ đơn giản là thiết kế và vận hành hệ thống. Bên cạnh vấn đề tương thích về công nghệ còn phải giải quyết vấn đề tương thích giữa chính sách của các Root CA cũng như giữa các ứng dụng của người sử dụng cuối khi kết nối các mô hình PKI.