Một số hệ quản trị cơ sở dữ liệu sử dụng cơ chế xác thực, ủy quyền và kiểm toán để bảo vệ dữ liệu, nhưng không có cơ chế bảo vệ các tệp dữ liệu của hệ điều hành nơi lưu trữ dữ liệu. Để bảo vệ các tệp dữ liệu này, một số hệ quản trị như Oracle hay SQL Server đã cung cấp cơ chế mã hóa dữ liệu trong suốt. Đây là cơ chế an toàn bảo vệ các dữ liệu nhạy cảm kể cả trong trường hợp phương tiện lưu trữ hoặc tệp dữ liệu bị đánh cắp.